Fils de Louis-François de Boufflers, marquis de Remiencourt (1714–1751), capitaine au régiment de dragons de Harcourt, et de la marquise Marie-Françoise-Catherine de Beauvau-Craon (1711-1786), une dame de la noblesse lorraine, dont le mariage a été célébré le 19 avril 1735, Stanislas de Boufflers grandit à la cour de Lunéville où il a pour parrain le roi Stanislas Leszczynski, et dont sa mère est la maîtresse en titre.
En 1760, destiné à l’Église, il passe deux ans au séminaire de Saint-Sulpice, situé dans le quartier de l'Odéon à Paris. Au lieu de puiser ses modèles dans les Pères de l'Église, en 1761 il compose son premier conte légèrement licencieux « Aline, reine de Golconde » qui connait un grand succès. Sa meilleure production, mais dont les voluptueuses peintures devaient lui fermer les portes de la prélature. Puis, au lieu d'une vie calme et taciturne, il troublait la congrégation entière par le chant du coq au petit matin et le braiement de l'âne, qu'il avait appris à imiter dans une rare perfection.
En 1762, à vingt-quatre ans, il entre au service de l'armée où il s'illustre sur les champs de bataille. Stanislas de Boufflers gravit tous les échelons, il est nommé en 1772 colonel en second du régiment d'Esterhazy (hussards), ensuite colonel de Chartres dans l'infanterie, et devient maréchal de camp en 1784.
En 1786, il est envoyé en qualité de gouverneur au Sénégal. Il accepta cette mission, espérant qu'elle pourrait le soustraire à l'avidité de ses créanciers, Stanislas de Boufflers était obéré de dettes. Il y resta trois ans, où il se fit remarquer par une bonne administration, par les vues les plus sages et les projets les plus propres à l'amélioration du système colonial, tout en se livrant à la contrebande de gomme arabique et d’or avec les signares. (Jeunes femmes noires ou métisses, de la Petite-Côte du Sénégal.) À son retour en France, il rembourse ses dettes grâce au produit de son commerce de contrebande.
Élu membre de l'Académie française, le 12 juin 1788, en remplacement de Monseigneur Antoine de Montazet, évêque d'Autun en 1748 et archevêque de Lyon en 1758, il y fut reçu par le marquis de Saint-Lambert le 29 décembre 1788 pour son discours de réception avec l'éloge obligé du défunt.
Député de la noblesse aux États généraux de 1789, il est l'auteur de deux célèbres rapports relatifs aux deux premières lois françaises modernes de propriété intellectuelle. Il émigre après le 10 août 1792 et trouve refuge en Prusse polonaise, à Breslau. Le chevalier, devenu marquis de Boufflers, marié à la marquise Éléonore de Sabran à Breslau en 1797, rentre en France en 1800. Il se rallie à Napoléon Bonaparte, il est nommé bibliothécaire-adjoint de la Bibliothèque Mazarine, puis reprend son fauteuil d'académicien en 1803. Il vécut modestement jusqu'en 1815.
Stanislas de Boufflers, après une maladie longue et douloureuse, meurt le 18 janvier 1815 à Paris. Il repose au cimetière du Père-Lachaise (division 11) auprès de son ancien ami l'abbé Jacques Delille. On a écrit sur la colonne qui porte son nom ces mots qui sont réellement de lui, et qui rappellent si bien l'aménité de ses mœurs et le calme de ses pensées : Mes amis, croyez que je dors.