Fils de Charles Troubat (1800-1886), commis négociants, originaire de Lasalle dans le Gard, et de Jeanne Hérand (1816-1864), fille d'un maître serrurier, de leur union est né Jules Simon Troubat le 19 septembre 1836 à 17h00 à Montpellier.
Elève au lycée de Montpellier, il commence ensuite des études de médecine. Exempté du service militaire par le tirage au sort en 1856, il rejoint Paris en 1858 et fait la connaissance du romancier et journaliste Jules François Félix Husson, dit Champfleury (1821-1889). Champfleury le fait entrer au journal L'Artiste et lui présente Charles-Augustin Sainte-Beuve. Le 30 septembre 1861, Troubat devient le secrétaire de Sainte-Beuve et l'assiste notamment dans la rédaction des articles qui donneront le recueil des Nouveaux Lundis. À la mort de Sainte-Beuve le 13 octobre 1869, il en est le légataire universel. Puis devient secrétaire et rédacteur pour Michel Lévy (1870-1875), il passe ensuite chez l'éditeur Édouard Dentu (1875-1877). Il est nommé conservateur à la bibliothèque du château de Compiègne en 1879. Membre de la Société des gens de lettres et du Félibrige, Troubat est nommé chevalier de l'Instruction publique en 1903, et chevalier de la Légion d'honneur en 1910.
Troubat a publié plusieurs volumes, dont Plume et pinceau en 1878, une étude de littérature et d'art. Ce volume parle de François Rabelais, de Voltaire, de Victor Hugo, puis des œuvres des peintres et sculpteurs méridionaux. Il a été rédacteur au Journal des débats, a donné une série d'articles au Temps, dont plusieurs, comme ceux sur Charles Baudelaire, Gustave Flaubert et Louise Colet, ont été très remarqués.
Il épouse le 19 février 1870 à Paris, Marie Chicot, la fidèle servante de Sainte-Beuve. Ils ont eu deux fils : Paul-Charles-Jules (1868), et Antoine (1875).
Jules Troubat décède le 4 juin 1914 à Paris à 77 ans, il repose au cimetière du Montparnasse.